药物设计

分子生成领域的stable diffusion - GEOLDM

一、关于stable diffusion 很多人都知道stable diffusion，stable diffusion的出现改变了机器生成领域，让AI技术第一次无比的接近正常人。大语言模型，AIGC概念于是兴起。基于stable diffusion 大家开发了lora， hyperwork等微调技术…

Diffusion Models 简单代码示例

一、关于Diffusion 模型的简单介绍首先diffusion模型和VAE、Flow、Gan等模型类似，均属于生成模型，可以和GCN、CNN等其他深度学习网络相结合，完成特定的生成任务，如下图： 基于 GAN 生成模型，基于 VAE 的生成…

基于片段的3D分子生成扩散模型 - AutoFragDiff 评测

AutoFragDiff 是一个基于片段的，自回归的，口袋条件下的，3D分子生成扩散模型。 AutoFragDiff方法来源于文章《Autoregressive fragment-based diffusion for pocket-aware ligand design》，由加州大学的Mahdi Ghorbani等人于2023年…

Schrodinger Shape Screen 工具使用方法

schrodinger的shape screen方法是一种基于ligand的筛选方法。需要提供一个参考分子，和需要筛选的分子库。shape screen可以根据原子类型、药效团对分子的形状相似度进行打分。 shape screen面板 shape screen面板如下： 1. 参考分子来源，可以…

GaUDI模型来自于以色列理工Tomer Weiss的2023年发表在预印本ChemRxiv上的工作《Guided Diffusion for Inverse Molecular Design》。原文链接：Guided Diffusion for Inverse Molecular Design | Materials Chemistry | ChemRxiv | Cambridge Open Engage GaUDI模型…

机器学习开源分子生成系列(1)-DeepFrag的本地部署及使用

欢迎浏览我的CSND博客！ Blockbuater_drug …进入文章目录前言一、DeepFrag是什么？二、conda中安装DeepFrag CLI环境1. 创建环境并激活2. 下载pre-trained model3. DeepFrag CLI 使用方法必需参数：可选参数： 4. DeepFrag CLI 使用…

GROMACS Tutorial 5: Protein-Ligand Complex 中文实战教程

GROMACS Tutorial 5: Protein-Ligand Complex 中文实战教程前言系统环境特别强调一、预处理阶段1.1 蛋白质配体分离以及除水操作1.2 选择力场识别JZ4配体1.2.1 使用在线力场解析1.2.2 使用官方推荐力场CHARMM36解析 1.3 蛋白的top文件准备1.4 配体的top文件准备1.5 使用CgenFF…

GROMACS Tutorial 1: Lysozyme in Water 中文实战教程

GROMACS Tutorial 1: Lysozyme in Water 中文实战教程前言系统环境特别强调一、预处理阶段1.1 补全原子或残基1.2 删除水分子1.3 生成top文件等位置限制文件二、定义盒子及添加溶剂2.1 定义盒子2.2 加入溶剂三、添加离子3.1 使用mdp参数文件生成tpr文件3.2 离子的加入3.3 添…

化学分子Mol2文件格式与使用注意事项

欢迎浏览我的CSND博客！ Blockbuater_drug …点击进入文章目录前言一、Mol2文件示例二、 Mol2文件主要结构解释及注意事项MOLECULE 字段解释ATOM 字段解释BOND 字段解释SUBSTRUCTURE字段解释总结参考资料前言 Mol2格式文件是一个ASCII 文件，由Tripos…

随机微分方程的分数扩散模型 (score-based diffusion model) 代码示例

随机微分方程的分数扩散模型（Score-Based Generative Modeling through Stochastic Differential Equations） 基于分数的扩散模型，是估计数据分布梯度的方法，可以在不需要对抗训练的基础上，生成与GAN一样高质量的图片。…

UCSF DOCK 分子对接详细案例（01）- rigid, fixed anchor, flexible dock

欢迎浏览我的CSND博客！ Blockbuater_drug …点击进入文章目录前言一、操作环境二、研究背景三、受体-配体结构文件准备3.1准备文件夹DOCK_workdir, 下载晶体结构3.1.1 来自湿实验的受体配体共晶结构：3.1.2 来自深度学习和语言模型推理预测的蛋白结构&a…

开源分子对接程序rDock的安装及使用流程

欢迎浏览我的CSND博客！ Blockbuater_drug …点击进入前言本文介绍开源分子对接程序rDock在Linux Ubuntu 22.04系统上的conda安装、编译安装过程及程序使用流程。一、rDock是什么？ rDock来源 rDock是一个快速、多功能的开源对接程序，可用…

分子生成工具 - ResGen 评测

ResGen 模型是浙江大学药学院侯廷军老师课题组2023年发表在nature machine intelligence期刊上文章Nature Machine Intelligence | Volume 5 | September 2023 | 1020–1030，题目为：《ResGen is a pocket-aware 3D molecular generation model based on …

开源分子对接程序rDock使用方法(2)-高通量虚拟筛选HTVS

欢迎浏览我的CSND博客！ Blockbuater_drug …点击进入文章目录前言一、rDock用于高通量虚拟筛选HTVSMulti-Step Protocol HTVS步骤及注意事项二、rDock中Multi-Step Protocol用于HTVS的用法Step 1. Exhaustive dockingStep 2. sdreport summaryStep 3. 运行rbhtfi…